《保障农民工工资支付条例》（国务院令第724号）（以下简称“条例”)自2020年5月1日起施行。条例明确了农民工工资支付形式与周期、工资清偿、监督检查等事项，并对工程建设领域的农民工工资支付做了特别规定。

条例的相关规定，在个人所得税方面，对建筑企业的影响可能会有以下两点。

一、个人所得税扣缴义务人问题

条例第三十一条规定：“分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证”。

个人所得税法第九条规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。

《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函[1996]602号）第三条规定：“关于扣缴义务人的认定扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准法规为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人”。

根据上述规定分析如下：

1.如果施工总承包单位与所招用的农民工订立劳动合同，那么这些农民就是总包单位的职工，总包单位给自己的职工发工资，总包单位代扣代缴个人所得税。

2.如果是分包单位与所招用的农民工订立劳动合同，根据上述规定会出现由总包单位代发工资，分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表交给总包单位，此时需要注意个税应该由分包单位代扣代缴，总包代为支付的工资，应该是农民工的税后工资。分包方需要按合同约定给甲方开具分包款的发票，总包向分包单位提供代发工资凭证。

二、核定征收的地方性政策问题

条例实施前，各地税务机关针对建筑企业个人所得税存在核定征收的地方性政策。

《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）规定：“跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。”

条例实施后，施工现场的用工都要建立用工清册，甚至在施工门口都设有门禁，用工人员进入施工现场都必须刷身份证实名，工资要如实造清册发放。这里，既有建设单位的监管责任，也有建筑总承包和分包单位的监管责任。因此，如果将这一制度落实到位，施工现场用工人员的个人所得税能实现全员全额明细申报的全覆盖。

因此，根据上述分析，新《保障农民工工资支付条例》的实施后建筑企业要尽快重新审慎新条例对目前企业现行操作模式的影响，规避其在工资、社保等方面带来的风险。